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基因測序攜大數(shù)據打通上下游

2017年7月28日

7月14日,深圳華大基因股份有限公司在深交所創(chuàng)業(yè)板正式上市交易,募集資金總額為5.47億元,發(fā)行價格為13.64元/股,成為深交所第2001家上市公司。作為國內最大的高通量基因測序服務和設備提供商,龍頭企業(yè)上市對基因測序領域的成長拉動效應十分明顯。

新技術和新需求讓基因測序、精準醫(yī)療以及相關設備器械領域逐步實現(xiàn)從技術端口向健康管理平臺的角色轉變。圍繞生命醫(yī)療大數(shù)據,產業(yè)鏈上中下游都在回歸健康管理、臨床診療本質,數(shù)據與商業(yè)邏輯深度結合,促使傳統(tǒng)基因測序和相關器械設備領域加速融入醫(yī)藥產業(yè)鏈。

數(shù)據融入臨床需求

近年來,全球基因組學應用行業(yè)不斷實現(xiàn)技術突破,行業(yè)發(fā)展勢頭良好,科研、醫(yī)療衛(wèi)生機構和普通民眾對基因測序的接受程度越來越高。據BCCResearch預計,基因測序行業(yè)將保持快速增長勢頭,2020年市場規(guī)模將達138億美元,年復合增長率為18.7%。

由于基因科技的大規(guī)模應用必須建立在大量基因數(shù)據的積累和解讀基礎之上,所以基因測序產品和生物信息分析是基因檢測細分市場的瓶頸和核心,其中的數(shù)據解讀與服務是整個行業(yè)最有價值的部分,體現(xiàn)了基因公司的研發(fā)實力,擁有先進技術和能力的企業(yè)便具備了生命健康產業(yè)的核心競爭力。

在近日于深圳舉行的“第二屆基因組云計算技術開發(fā)者大會”上,北京榮之聯(lián)科技股份有限公司董事長王東輝稱,基于基因檢測和精準醫(yī)療產生的大數(shù)據產業(yè),未來發(fā)展方向主要包括為B端用戶提供數(shù)據服務和為C端用戶提供健康管理!邦嵏矀鹘y(tǒng)信息分析以計算為中心的技術架構,轉變?yōu)椤陨鼣?shù)據’為中心;在醫(yī)療數(shù)字化方面,圍繞醫(yī)學智能輔助診斷、影像三維可視化系統(tǒng),將疾病治療從依賴二維經驗轉變?yōu)槿S、可量化的數(shù)字體系,顯著提高診斷精準性!

從學術突破到工具國產化,中國基因測序器械設備產品和檢測臨床服務正在逐步融入醫(yī)藥核心產業(yè)鏈條。藥明康德集團企業(yè)明碼生物首席技術官、中國區(qū)負責人孫洪業(yè)博士表示,基因數(shù)據只有交換才能創(chuàng)造價值,而分析計算和共享的基礎是標準,只有依靠標準化的計算能力和分析產品才能支持臨床大型隊列研究和藥物研發(fā)轉化,從輸入、過程、結果三個環(huán)節(jié)提供完善流程和可視化分析。

以一個美國CLIA認證實驗室的病人為例,其樣本中獲取的臨床級別測序數(shù)據,參照已有病人的測序數(shù)據,利用基因組注釋和臨床序列分析工具,通過數(shù)據拼接和變異尋找,比對全基因組數(shù)據進行深度分析低頻變異,測序與解讀均具有不可替代的重要性和唯一性。顯然,從感染性疾病,到基因性出生缺陷和惡性腫瘤,從精準診斷、治療到康復,基因測序及相關器械設備產品將更全面地提供精準的檢測、完善的解決方案和有競爭力的價格,滿足未被滿足的臨床需求。

橫向資源協(xié)調合作

創(chuàng)新制造以智能化為典型特征,要求中國醫(yī)藥企業(yè)以新技術提升運營效率。精準醫(yī)療是未來醫(yī)療行業(yè)的發(fā)展趨勢,而精準醫(yī)療發(fā)展必須依托大數(shù)據平臺,因為平臺運營與數(shù)據服務是生物醫(yī)療產業(yè)發(fā)展的重要環(huán)節(jié),基礎設施供應商合作并采用聯(lián)合運營的方式,才能為醫(yī)療機構、測序企業(yè)等數(shù)據提供方企業(yè)提供產業(yè)支持保障。

值得關注的是,從生命大數(shù)據提供方企業(yè)的角度,包括華大基因、諾禾致源、金域檢驗、藥明康德、達安基因等,數(shù)據都需要“存、管、算、察”的強大核心功能支撐,以實現(xiàn)數(shù)據空間分布式存儲應用,解決存儲空間和數(shù)據持久化、數(shù)據解耦、分級部署、數(shù)據發(fā)現(xiàn)、動態(tài)重組、信息分析調度、跨集群分布式計算等復雜性問題。

隨著人類基因組測序成本以“超摩爾定律”速度下降,與之相匹配的基因組數(shù)據分析成本也在下降,尤其是在2016年至今,短短一年,基因數(shù)據分析成本的下降速度遠遠超過了基因測序成本下降的速度,F(xiàn)在,單個人的全基因組數(shù)據分析成本已經降低至100元人民幣以內。

基因大數(shù)據分析包括十幾個步驟,如果每個企業(yè)做數(shù)據分析面對不同的步驟選擇差異化方法,如何來組織不同的工具更優(yōu)地高效分配計算任務,這是目前整個基因測序、云計算、器械設備研發(fā)等軟硬件企業(yè)都在致力于優(yōu)化的戰(zhàn)略性工作。北京聚道科技(GeneDock)有限公司CEO李夏戎指出,不僅需要每個企業(yè)聚焦自身的底層數(shù)據優(yōu)化,還需要產業(yè)鏈橫向跨步驟協(xié)同!鞍℅ATK算法優(yōu)化,加速計算運轉過程,減少CPU開銷,并且同產業(yè)鏈合作伙伴一同將技術封裝,制定數(shù)據壓縮、存儲方案;基因測序公司也需要將數(shù)據調整成分布式,從而協(xié)同開發(fā)更加易用的操作流程!

華大基因CEO尹燁表示,檢測成本下降,如今已不是單個公司憑技術挖掘就可以解決的,“從上游醫(yī)療器械設備廠商,到中游基因測序企業(yè),再到下游健康服務平臺,基因檢測產業(yè)基于生命大數(shù)據各環(huán)必須共有、共為、共享;全行業(yè)預計到2020年能夠將單個人的全基因組測序和分析總費用控制在2000元人民幣以內,數(shù)據分析流程標準化和費用快速下降,將有望提前實現(xiàn)行業(yè)預期!

來源(醫(yī)藥網) 作者(佚名)

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